Nació en San Miguel el Grande (hoy San Miguel de Allende), en Guanajuato. Hijo de españoles, heredero de regular fortuna, abrazó la carrera de las armas. Ganó sus primeros ascensos en Texas a las órdenes de Félix María Calleja, cuando en 1801 batieron a Nolland, un aventurero estadounidense. En 1806, ya era capitán. Empezó desde entonces a mostrarse partidario de la independencia.
En San Miguel estaba al mando del Regimiento de Dragones de la Reina. Acogió con entusiasmo los proyectos de los conspiradores de Valladolid, y a pesar de ser éstos aprehendidos, siguió conspirando. De acuerdo con Miguel Hidalgo, se fijó el 1 de octubre de 1810 el inicio de la Guerra de Independencia.
Sospechoso ante el intendente de Guanajuato, se giraron órdenes para arrestarlo al mismo tiempo que se descubría la conspiración. Hidalgo le hizo marchar de San Miguel a Dolores. La denuncia de Querétaro los retuvo dos días en Dolores, hasta que Hidalgo resolvió lanzarse a la lucha. Allende no puso objeciones y fue a sublevar el Regimiento de la Reina. La circunstancia de que el padre Hidalgo fuera el más resuelto, determinó que la jefatura recayera en su persona, y no en Allende, que parecía el caudillo más lógico. Entraron los insurgentes a San Miguel y luego a Celaya. En esa ciudad Allende empezó a organizar su ejército, que ya pasaba de 40 mil hombres.
El 22 de septiembre se le nombró teniente general; Hidalgo ostentaba el título de capitán general. La indisciplina en las filas insurgentes le hizo marchar sobre Guanajuato, y no sobre Querétaro, ya fortificado. En el camino hacia la Ciudad de México, al pasar por Acámbaro, Hidalgo, fue proclamado generalísimo y Allende capitán general, por un ejército de ochenta mil hombres.
Allende hizo retroceder al realista Torcuato Trujillo hacia el Monte de Las Cruces, batalla en que triunfaron los insurgentes. Sostuvo Allende la necesidad de marchar sobre México, dado el indudable prestigio que su ocupación ocasionaría, además de la fuga o prisión del virrey y la desorganización del gobierno de la capital. Prevaleció la opinión de Hidalgo y los insurgentes retrocedieron cuando se encontraban a pocos kilómetros de la ciudad de México. La dispersión que esto ocasionó se agravó con la derrota de Aculco donde se impuso el brigadier Félix María Calleja.
Allende se separó de Hidalgo y regresó a Guanajuato. Puso a la ciudad en estado de defensa y mostró sus cualidades de organizador: fundió cañones, barrenó peñascos; fabricó armas y pólvora y solicitó auxilios de Hidalgo, quien se hallaba en Valladolid; de Torres, dueño de Guadalajara, y de Iriarte en San Luis Potosí; este último intentó auxiliarle, pero el rápido movimiento de los realistas lo impidió.
Al llegar Calleja a Guanajuato y tomar las principales posesiones, Allende tuvo que abandonar la ciudad y marchó a Guadalajara. Las diferencias con Hidalgo le hicieron apartarse del gobierno civil, dedicándose sólo a la organización del ejército.
En la batalla de Puente de Calderón, Allende mostró una vez más sus dotes militares, secundado por Aldama y Abasolo. Tres veces fueron rechazados los realistas a las órdenes de Manuel Flon, y en dos ocasiones volvieron la espalda las tropas de Calleja cuya pericia, unida a la explosión de un carro lleno de municiones en el lado insurgente, inclinaron la victoria por los ejércitos virreinales.
Allende, perdida toda esperanza, marchó rumbo a Zacatecas para unirse allí con Hidalgo. Las discordias entre los insurgentes aumentaron. Hidalgo dimitió verbalmente del mando y Allende fue reconocido generalísimo. Ordenó que la retirada se hiciera hasta Saltillo. Antes se adelantó a Matehuala para imponer respeto a los realistas.
En una junta del 16 de marzo de 1811 se nombró jefe a Ignacio Rayón y se acordó marchar hacia Estados Unidos. El 21 de marzo fueron hechos prisioneros por Ignacio Elizondo en Acatita de Baján: Allende fue el único que hizo resistencia y vio morir a su hijo en la refriega. Se les condujo a Monclova y luego a Chihuahua, donde se les procesó desde el 6 de mayo.
Luego de ser sometido a un proceso, fue sentenciado a muerte y se le pasó por las armas el 26 de junio de 1811, en unión de Jiménez, Juan Aldama y Manuel Santamaría. Su cabeza fue colgada en uno de los ángulos de la Alhóndiga de Granaditas, hasta marzo de 1821, cuando el general Anastasio Bustamante la hizo quitar. Sus restos reposan en la cripta de la Columna de la Independencia, del Paseo de la Reforma en la Ciudad de México