Originario de Valladolid (Morelia), José María Morelos fue hijo de José Manuel Morelos, carpintero, y de Juana María Guadalupe Pérez Pavón. Fue registrado como español, pero en realidad era mestizo, con algo de ascendencia negra.
Entre 1779 y 1790 trabajó en la hacienda cañera de Tahuejo, en Apatzingán, quizá como escribano o contador. En 1790 ingresó en el Colegio de San Nicolás, en Valladolid, donde estudió gramática latina y retórica, filosofía y moral. En el Seminario Tridentino de aquella ciudad estudió en 1795 teología moral y filosofía. Viajó a la ciudad de México para presentar el 28 de abril de ese año el examen de bachiller en artes en la Real y Pontificia Universidad.
El 13 de diciembre siguiente, Morelos recibió la primera tonsura y las 4 órdenes menores en Valladolid, y 6 días después fue ordenado subdiácono. A principios de 1796 pasó a Uruapan como cura auxiliar, donde se encargó de las cátedras de gramática y retórica. En septiembre de ese año fue ordenado diácono en Valladolid, y el 21 de diciembre de 1779 se ordenó de presbítero.
En enero de 1798 Morelos fue nombrado cura interino de Churumuco y la Huacana, cargo que desempeñó hasta marzo de 1799, cuando se le nombró cura interino de San Agustín Carácuaro y de Nocupétaro.
El 15 de mayo de 1803 nació en Carácuaro Juan Nepomuceno Almonte, hijo de Morelos y de Brígida Almonte. 5 años después, en 1808, nació en Nocupétaro José Victoriano, hijo de Morelos y de María Ramona Galván, y se tiene noticia que en 1809 nació una hija suya en Carácuaro.
A principios de octubre de 1810 Morelos tuvo noticia del levantamiento de Hidalgo y el 19 de ese mes salió en su busca. Lo alcanzó al día siguiente y se entrevistó con él en el trayecto de Charo a Indaparapeo, y recibió la comisión de levantar en armas la costa del sur.
Después de solicitar licencia a la mitra de Michoacán, Morelos se dirigió a Carácuaro, donde armó 25 hombres, con los que inició su primera campaña militar el 25 de octubre. Pasó por Nocupétaro, luego a Huetamo, Coahuayutla, Zacatula y Petatlán. En esos lugares consiguió hombres y armas. El 7 de noviembre entró en Tecpan, donde se le unieron Juan José, Antonio y Pablo Galeana, quienes le facilitaron además un cañón pequeño, apodado «El Niño», primera pieza de artillería con que contó Morelos.
Siguió su camino hacia Acapulco, y en Coyuca se le unió Juan Alvarez. El 13 de ese mes sus tropas entraron por primera vez en combate, al enfrentarse a las del realista Luis Calatayud, en El Veladero. El 17 de noviembre Morelos emitió un bando en el que suprimía la esclavitud y las castas.
Sus actividades preocuparon al virrey, quien envió en su contra a Francisco París. í?ste lo atacó el 8 de diciembre en El Veladero, pero fue rechazado, y el 13 de ese mes Morelos logró rechazar en la Sabana a los realistas otra vez. En este lugar se le unió, a principios de enero de 1811, Hermenegildo Galeana. Tras algunos ataques infructuosos a Acapulco, se retiró a Tecpan, donde se dedicó a organizar el gobierno de su provincia.
El 3 de mayo, en la hacienda de la Brea, nombró a Hermenegildo Galeana su lugarteniente. Morelos pasó después a El Veladero y luego se dirigió a Chilpancingo. En el camino envió a David Faro y a Mariano Tabares a Estados Unidos para conseguir auxilios.
El 26 de mayo tomó Tixtla, donde se le unió Vicente Guerrero. Allí publicó un bando sobre la emisión de una moneda nacional de cobre, y escribió a Ignacio López Rayón sobre la formación de una junta insurgente. Pasó a Chilpancingo el 14 de agosto, y el 21 entró en Chilapa. De allí pasó a Tecpan y luego a El Veladero. Regresó a Chilapa a fines de octubre y a mediados de noviembre salió hacia Tlapa, e inició así su segunda campaña.
Tomó a Chiautla de la Sal el 3 de diciembre, y el 10 entró a Izúcar, donde rechazó a los realistas el 17. El 18 se le unió Mariano Matamoros. Pasó después a Cuautla, y de ahí a Cuernavaca. Volvió a Cuautla, a principios de febrero y allí resistió durante dos meses el sitio impuesto por las tropas realistas al mando de Félix María Calleja.
A causa de la falta de víveres, decidió romper el sitio, sin aceptar el indulto. La madrugada del 2 de mayo logró salir de Cuautla y dirigirse a Ocuituco, Hueyapan e Izúcar, y llegó a Chiautla de la Sal 2 días después. El 1 de junio inició su tercera campaña, y entró en Chilapa el día 7. La Suprema Junta lo nombró capitán general.
De Chilapa se dirigió a Tehuacán, donde reorganizó y disciplinó sus tropas y se ocupó de la organización del movimiento insurgente. En Tehuacán nombró a Matamoros su segundo en jefe y mariscal a Galeana el 12 de septiembre.
El 10 de noviembre, tras diversas derrotas, salió hacia Oaxaca, la que tomó el día 25. Mandó fusilar a los realistas González Sarabia y Régules Villasante y organizó la celebración de la jura de la Suprema Junta, además de dictar otras disposiciones sobre el gobierno de la zona dominada por él y de iniciar la publicación del periódico Sud.
El 9 de febrero de 1813 se dirigió a Acapulco, con lo que inició su cuarta campaña. Llegó a Yanhuitlán el día 15 de ese mes, y a Ometepec el 7 de marzo Entró a la Sabana el 26 de ese mes. Se ocupó de organizar la toma de Acapulco, al que atacó el 6 de abril y tomó el día 12.
El gobernador Pedro Vélez se refugió en el castillo de San Diego, y Morelos le puso sitio, que duró 4 largos meses. Mientras tanto se ocupó de organizar la reunión de un Congreso insurgente y de emitir diversas providencias sobre gobierno y administración. El 28 de junio emitió la convocatoria para instalar el Congreso en Chilpancingo.
El 31 de agosto salió hacia Chilpancingo, donde el 14 de septiembre se inauguró el Congreso, con la elección de diputados y la lectura de los Sentimientos de la Nación, escritos por Morelos. Al día siguiente, el Congreso lo eligió Generalísimo encargado del Poder Ejecutivo, y el 18 declaró disuelta la Suprema Junta.
El 6 de noviembre el Congreso emitió su Acta de Independencia, y 2 días después Morelos se dirigió hacia Valladolid, con lo que inició su quinta campaña. Llegó a Mezcala y en Tlacotepec emitió unos Rudimentos Militares el 21 de noviembre.
En Cutzamala se reunió con Matamoros, Bravo y Galeana. Llegó a Llano Grande y el 23 de diciembre a las lomas de Santa María, pero fue rechazado ese día y el siguiente por Ciriaco de Llano y Agustín de Iturbide. En Chupío y Puruarán sufrió nuevas derrotas. Morelos ya no se recuperaría de estos reveses. Se dirigió nuevamente a Tlacotepec, donde el Congreso lo destituyó de su cargo de generalísimo.
Las derrotas continuaron y el Congreso lo separó del poder ejecutivo el 14 de marzo de 1814. A fines de mes, Morelos mandó quemar Acapulco. Perseguido por los realistas, llegó a Apatzingán, donde el Congreso publicó su Decreto Constitucional para la Libertad de la América Mexicana el 22 de octubre. Con Cos y Liceaga fue electo para formar el Supremo Gobierno.
Morelos se ocupó entonces del gobierno insurgente, pero no de problemas militares. Pasó a Tancítaro y luego a Uruapan. Volvió a Apatzingán, donde permaneció hasta el 16 de diciembre. En mayo de 1815 el Supremo Gobierno dejó Ario y Morelos pasó a Cutzamala y Tlalchapa, y a principios de junio llegó a Puruarán. En agosto pasó a Uruapan. A causa de la persecución realista, el Congreso decidió pasar a Tehuacan, y Morelos fue el encargado de su custodia.
El 28 de septiembre salió hacia Huetamo, Cutzamala y Tlalchapa, y el 2 de noviembre llegó a Atenango del Río. Al día siguiente llegó a Temalaca y el día 5, al salir hacia Pilcaya, fue atacado por Concha y hecho prisionero por Matías Carrasco, antiguo insurgente.
Se le llevó a Atenango del Río y se ordenó su traslado a la capital. Llegó a Tlalpan el 21 de noviembre y el 22 a la ciudad de México. Se le inició causa y el día 27 fue declarado hereje y degradado. Pasó a la Ciudadela, y el 20 de diciembre Calleja lo sentenció a muerte. Fue llevado a San Cristóbal Ecatepec, donde se le fusiló. Su prisión y muerte fueron el golpe más duro que recibió la insurgencia. En 1828 su ciudad natal recibió el nombre de Morelia.
Maximiliano le erigió una estatua en 1865 y, en 1869, Benito Juárez decretó la creación del estado que lleva su nombre. El 16 de septiembre de 1925 sus restos fueron llevados a la Columna de la Independencia.